国家税务总局公告2011年第44号规定：从2011年9月1日起，对代开货物运输业发票的个体工商户、个人独资企业和合伙企业个人所得税预征率由原来的按开票金额的2.5%预征个人所得税调整修改为按开票金额的1.5%预征个人所得税。也就是减少了一个百分点。但公告中未明确代开货物运输业发票的企业的修改，那么企业还应该继续按开票金额2.5%预征企业所得税。

这样代开货物运输业发票就有不同的所得税负担了。

1、国家税务总局公告2011年第44号

国家税务总局关于代开货物运输业发票个人所得税预征率问题的公告

为贯彻落实《全国人大常委会关于修改〈中华人民共和国个人所得税法〉的决定》和有关法律法规规定，现对代开货物运输业发票的个体工商户、个人独资企业和合伙企业（以下简称代开货运发票的个人所得税纳税人）个人所得税预征率问题公告如下：

一、对《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发〔2004〕88号）第四条规定的代开货运发票的个人所得税纳税人，统一按开票金额的1.5%预征个人所得税。

二、年度终了后，查账征税的代开货运发票个人所得税纳税人，按本公告第一条规定被预征的个人所得税可以在汇算清缴时扣除；实行核定征收个人所得税的，按本公告第一条规定被预征的个人所得税，不得从已核定税额中扣除。

三、本公告自 2011年9月1日起施行。《国家税务总局关于代开货物运输业发票个人所得税预征率问题的通知》（国税函〔2008〕977号）同时废止。

                                                         二○一一年七月二十七日

2、国税发[2004]88号

关于货运发票开具问题

（一）按代开票纳税人管理的所有单位和个人（包括外商投资企业、特区企业和其他单位、个人），凡按规定应当征收营业税，在代开货物运输业发票时一律按开票金额3%征收营业税，按营业税税款7%预征城建税，按营业税税款3%征收教育附加费。同时按开票金额3.3%预征所得税，预征的所得税年终时进行清算。但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。

3、国税函〔2008〕819号

国家税务总局关于调整代开货物运输业发票企业所得税预征率的通知

国税函〔2008〕819号

各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：

现将调整代开货物运输业发票企业所得税预征率的问题通知如下：代开货物运输业发票的企业，按开票金额2.5%预征企业所得税。
　　本通知从2008年1月1日起执行。《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发〔2004〕88号）第四条（一）项中“按开票金额3.3%预征所得税”同时废止。

                                                    国家税务总局

                                                  2008年10月6日

4、国税函〔2008〕977号

国家税务总局关于代开货物运输业发票个人所得税预征率问题的通知

国税函〔2008〕977号

各省、自治区、直辖市和计划单列市地方税务局，西藏、宁夏、青海省（自治区）国家税务局：
　　现将代开货物运输业发票的个体工商户、个人独资企业和合伙企业（以下简称代开货运发票的个人所得税纳税人）个人所得税预征率问题通知如下：
　　一、对《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第四条规定的代开货运发票的个人所得税纳税人，统一按开票金额的2.5%预征个人所得税。
　　二、年度终了后，查账征税的代开货运发票个人所得税纳税人，按本通知第一条规定预征的个人所得税可以在汇算清缴时扣除；实行核定征收个人所得税的，按本通知第一条规定预征的个人所得税，不得从已核定税额中扣除。

                                               国家税务总局

                                         二○○八年十一月三十日