最近，财政部、国家税务总局联合发布了《关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税[2012]38号），决定自今年7月1日起，在部分行业开展农产品增值税进项税额核定扣除试点，涉及以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油行业。值得纳税人关注的是，该通知除试点纳税人购进农产品增值税进项税额实施核定扣除办法，不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额外，扣除率也发生了重大变化，将农产品进项税额扣除率由现行的13%修改为纳税人再销售时货物的适用税率，即纳税人销售的货物适用13%税率的，则扣除率为13%，纳税人销售的货物适用17%税率的，则扣除率为17%。
现行增值税基本税率为17%，农产品适用税率为13%，是国家对农产品的优惠税率。以用农产品为原料，生产加工17%适用税率的货物为例，如果原料扣除税率为17%，则4%的优惠就得以享受；如果原料扣除税率为13%，就享受不到这种优惠，相当于上一环节的优惠被下一加工环节给补了回去，使得农产品加工企业增值税实际税率高于其他工业企业17%的税率。这就是常说的“高征低扣”。
为了消除这种影响，财税[2012]38号文件实施前，农产品增值税抵扣政策采取的一种隐性财政补贴的方式，允许增值税一般纳税人购进免税农产品或从小规模纳税人手中购进的农产品，可凭普通发票作为抵扣凭证，按照购买价和13%的扣除率计算进项税额，即以购买价直接乘以13%的扣除率计算，而不是将购买价按含税货物价税分离后，乘以13%的适用税率计算。以增加企业的增值税扣除额，消除高征低扣对加工环节的税收影响。当然，消除高征低扣只是隐性财政补贴的对象之一，下面的案例能说明这个问题。
案例1
某产品的销售价格是100元件，原料成本是65元件。这里的原料成本进项税额假设有两种计算方法：第一，以适用税率13%按含税价格计算，每件产品应缴纳增值税额为9.53元（100×17%－65÷1.13×13%）；第二，以扣除率13%计算，每件产品应缴纳增值税额为8.55元（100×17%－65×13%）。以年实现销售60万件产品计算，用扣除率13%计算的进项税额可消除高征低扣产生的影响58.8万元[60万件×（9.53－8.55）×100%]。
从上例可以看出，隐性财政补贴的税收政策，消除了一部分高征低扣对企业的税收影响，但同时造成了另一种不合理的进、销项税额倒挂现象，使得这种隐性财政补贴违背了立法的初衷。
仍以上述案例为例，如果该原料不是用来加工产品，而是直接用于销售，并且是以原购入价格对外销售，销售价格应换算为不含税价格，应缴纳增值税额-0.97元（65÷1.13×13%－65×13%）。也以年销售60万件产品计算，用扣除率13%计算的进项税额，可产生进、销项税额倒挂58.2万元（60万件×0.97×100%）。
由于购进的农产品直接用于销售，其扣除率和适用税率是相同的，此时就不存在高征低扣现象。如果继续采取隐性财政补贴，就出现了销售利润较低时，进、销项税额倒挂的不合理现象，只有当利润水平与隐性财政补贴相等的情况下，进、销项税额才持平。因此，财税[2012]38号文件的出台，可以说是对“高征低扣”及“进、销项税额倒挂”现象的纠正。
案例2
某乳品加工企业2012年销售10000吨乳品，实现收入5200万元，原材料单位消耗为1.196万元吨，原材料平均购买单价为4500元吨（本案例不考虑加工成本及不同税率的货物销售价格不同等因素，以投入产出法计算）。
1.假设该产品为动物的乳汁和经净化、杀菌等加工工序生产的乳汁，适用税率为13%。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额＝当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率÷（1＋扣除率）＝10000×1.196×0.45×13%÷（1＋13%）＝619.17（万元）。
应纳税增值税＝5200×13%－619.17＝56.83（万元）。
2.假设该产品为鲜奶加工的奶制品，适用税率为17%。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额＝10000×1.196×0.45×17%÷（1＋17%）＝782（万元）。
应纳税增值税＝5200×17%－782＝102（万元）。
通过上述案例可以发现，根据财税[2012]38号文件的规定，销售收入、原料单耗、原料成本相同而适用税率不同的货物，进项税额是“高征高扣、低征低扣”，产生的税负差比较合理，高税率货物承担高税负，低税率货物承担低税负，不存在税收负担扭曲现象。如果再以财税[2012]38号文件实施前税法规定的13%扣除率计算进项税额，看看两种不同税率乳品的税负情况。
首先，按13%扣除率计算出当期允许抵扣的农产品增值税进项税额为699.66万元（10000×1.196×0.45×13%），再对两种适用税率的乳品产生的增值应纳税额进行比较。适用税率为13%的乳品，其适用税率与扣除率一致，如果再进行隐性财政补贴，则可形成进、销项税额倒挂，应纳增值税-23.66万元（5200×13%－699.66）；适用税率为17%的奶制品，适用税率高于扣除率，此时进行隐性财政补贴，则可实现立法的初衷，应纳增值税为184.34万元（5200×17%－699.66）。
其次，将上述计算结果和财税[2012]38号文件的计算结果进行比较，原办法对适用税率与扣除率一致的乳品补贴有点“过头”，使得已经产生法定增值额56.83万元的乳品，不仅征不到税，还要对其隐性补贴-23.66万元；而对适用税率高于扣除率的乳品则补贴不足，产生多征82.34万元（184.34－102）税款的现象。因此，财税[2012]38号文件的出台，对这种现象进行了扭转，根据销售货物的适用税率决定购进货物的抵扣率，解决了长期以来高征低扣的不合理现象。
