甲公司将独立核算的子公司的某酒店整体转让给乙公司，转让中涉及的资产如何缴纳增值税、营业税和企业所得税？乙公司以什么票据作为合法入账凭证？

《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。

《国家税务总局关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第51号）纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。

根据上述规定，符合上述规定的重组方式中涉及的货物转让，不征收增值税，涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。因不属于应税行为，受让方乙公司不需要取得发票，凭双方签订的重组协议及收付款凭证作为资产的入账凭证。

甲公司转让某酒店涉及的企业所得税，应根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）规定，可以适用一般纳税处理或特殊纳税处理。

如果整体资产转让同时符合财税[2009]59号文件第五条规定的五个条件，甲公司对其交易中的股权支付部分，可选择特殊纳税处理。即转让企业取得受让企业股权的计税基础，以被转让资产的原有计税基础确定。受让企业取得转让企业资产的计税基础，以被转让资产的原有计税基础确定。