在部分行业试点进行农产品核定扣除政策发布以来，其试点范围逐步扩大，而实际工作中，部分试点纳税人对农产品核定扣除办法下如何进行账务处理、如何进行纳税申报理解不透彻。为更好地帮助纳税人，分析了农产品进项核定扣除相关账务处理，对农产品期初库存转出、原材料购入、当期进项税额抵扣等所涉及的账务处理及相关政策依据进行了整理。
《财政部、国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）规定，试点纳税人购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，购进除农产品以外的货物、应税劳务和应税服务，增值税进项税额仍按现行有关规定抵扣。试点纳税人购进农产品必须取得合法的凭证，包括农产品增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品销售发票及自行开具的农产品收购发票。农产品增值税专用发票和海关进口增值税专用缴款书，应该按照注明的金额及增值税额一并计入成本类科目（例如材料采购、库存商品），自行开具的农产品收购发票和取得的农产品销售发票，按照注明的买价直接计入成本。
第一种方法：
将期初存货所含进项税额转出金额和购进农产品包含的待抵扣农产品进项税额直接以含税价计入农产品成本。
1.分离期初原材料、库存商品所含进项税额的会计处理
借：存货（原材料、库存商品）
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）
2.当月购进农产品的会计处理
借：原材料
贷：银行存款
3.根据当月销售货物数量计算实际应抵扣的农产品进项税额
借：应交税费——应交增值税
贷：原材料
优点：原材料购进时核算简便。
缺点：企业产品成本核算就包含了购进农产品的增值税进项税额，造成产品成本失真。并且当期销售的货物数量与库存农产品数量差异较大时，进项税额冲减原材料会直接影响企业农产品原材料单价，造成原材料单价波动过大，不能正确反映期末存货的成本和当期产品生产销售成本。再就是如果企业是季节性生产，原材料全部耗用完毕后将无法再冲减存货成本，冲减存货会出现负数。
第二种方法：
将当月根据销售货物计算出的当月申报抵扣的进项税额冲减销售成本。
1.分离期初原材料、库存商品所含进项税额的会计处理
借：存货（原材料、库存商品）
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）
2.当月购进农产品的会计处理
借：原材料
贷：银行存款
3.根据当月销售货物计算实际应抵扣的农产品进项税额
借：主营业务成本（红字）
贷：应交税费——应交增值税（进项税额）（红字）
优点：进项税额转出时，存货成本不受影响。
缺点：企业的外购农产品、农产品生产的产品中含有增值税进项税额，不符合现行增值税制度下存货不含税精神，造成资产虚增，资产负债表数据失真，尤其对上市公司来说影响较大。虽然财税〔2012〕38号文件规定农产品增值税专用发票和海关进口增值税专用缴款书，应该按照注明的金额及增值税额一并计入成本类科目（例如材料采购、库存商品），自行开具的农产品收购发票和取得的农产品销售发票，按照注明的买价直接计入成本，但是毕竟法律效力不如增值税暂行条例，下位法不应该违反上位法。
第三种方法：
在应交税费科目下设二级会计科目“待抵扣农产品进项税额”，财税〔2012〕38号文件规定，计算期初存货转出的农产品进项税额和当期购进农产品的进项税额，计入借方；根据销售货物数量计算出的农产品进项税额计入贷方；余额反映期末待抵扣的进项税额。
1.分离期初库存原材料、库存商品所含进项税额的会计处理
借：应交税费——待抵扣农产品进项税额
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）
2.当月购进农产品的会计处理
借：原材料——农产品×××
应交税费——待抵扣农产品进项税额
贷：银行存款
3.根据当月销售货物数量计算实际应抵扣的农产品进项税额
借：应交税费——应交增值税——进项税额
贷：应交税费——待抵扣农产品进项税额
4.如果发生农产品、货物盘亏、非正常损失等进项税额转出的
借：营业外支出
贷：原材料——农产品。
应交税费——待抵扣农产品进项税额
优点：能避免期末库存农产品单价大幅波动，正确反映待抵扣农产品进项税额增减变化，还可以分析待抵扣农产品进项税额和实际抵扣的进项税额的差异。因为只有实际购进才能抵扣进项税额，不存在未实际购进而抵扣增值税的情况，该科目余额应该大于零。
缺点：农产品购进时需要作价税分离处理，相对比直接将进项税金计入原材料成本麻烦，且由于企业销售和购进往往不同步，造成待抵扣进项税额变动较大。
通过以上三种方法的比较，第三种方法既能将存货以不含税价格体现，又有利于企业的成本核算，同时又符合增值税价税分离原则。
