根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》和《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》的规定，房地产开发项目土地增值税清算应缴纳税款=房地产转让项目增值额×适用税率    而房地产转让项目增值额=项目收入总额-项目扣除金额，因此在项目收入一定的条件下，扣除项目金额的准确核算尤为关键。
      笔者根据土地增值税清算实践，归纳出扣除项目金额确定过程中的八大注意问题：
      一、土地闲置费的扣除问题
      土地闲置费是指向依法取得土地使用权但未按规定动工建设满一年、不满两年的建设单位征收的闲置土地费用。收取土地闲置费是防止闲置土地，制约利用闲置土地伺机炒卖地皮的行为，促使取得土地的单位尽快开发利用土地。我国实行土地的全民所有制和劳动群众集体所有制，因此对土地闲置费，应区分以下两种情况：
       一是以出让方式取得的土地使用权。根据《中华人民共和国城市房地产管理法》（1994年八届人大主席令29号公布，2007年十届人大主席令72号修订）第26条的规定，超过出让合同约定的动工开发日期满一年未动工开发的，可以征收相当于土地使用权出让金20%以下的土地闲置费；满二年未动工开发的，可以无偿收回土地使用权。
      二是以划拨方式取得的集体土地使用权。根据《中华人民共和国土地管理法》（1986年六届人大41号主席令公布，1988年、1998年、2004年三次修订后，十届人大主席令28号公布）第37条的规定，一年内未动工建设的，应当按照该省的规定缴纳闲置费；连续二年未使用的，经原批准机关批准，由县级人民政府无偿收回用地单位的土地使用权。
    《闲置土地处置办法》（国土资源部令[1999]第5号）对闲置土地的认定作出了解释，其第二条，“本办法所称闲置土地，是指土地使用者依法取得土地使用权后，未经原批准用地的人民政府同意，超过规定的期限未动工开发建设的建设用地。具有下列情形之一的，也可以认定为闲置土地：（1）国有土地有偿使用合同或者建设用地批准书未规定动工开发建设日期，自国有土地有偿使用合同生效或者土地行政主管部门建设用地批准书颁发之日起满1年未动工开发建设的；（2）已动工开发建设但开发建设的面积占应动工开发建设总面积不足三分之一或者已投资额占总投资额不足25％且未经批准中止开发建设连续满1年的；（3）法律、行政法规规定的其他情形。”
      缴纳土地闲置费的起止时间是从签订“土地土地使用权出让合同”之日起算的。满一年未动工建设的，就应该按规定缴纳土地闲置费；满二年未动工建设的，可以无偿收回。
      房地产开发企业按规定缴纳的土地闲置费，记入了“开发成本—土地费用”，对于土地闲置费能否在计算土地增值税税款时扣除，以前税收政策没有明确。根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）规定，在进行土地增值税清算时，“房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。”
      二、因延期支付土地出让金而支付的延期付款利息扣除问题
企业因资金困难，提出延期支付土地出让金，经批准同意后可在土地出让合同规定的期限后支付土地出让金，但必须向财政部门支付延期付款利息，这对房地产开发企业来讲相当于企业的融资费用。因此不能作为“取得土地使用权所支付的金额”直接扣除，更不能作为加计扣除的基数，而应作为财务费用（房地产开发费用的一种），在“取得土地使用权所支付的金额”和“房地产开发成本”之和10%扣除限额内的进行扣除。
      三、成片受让土地，分期或分项目开发，各期或各项目的土地成本确认问题
    《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第九条规定：纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，若按此办法难以计算或明显不合理的，也可按建筑面积或税务机关确认的其他方式计算分摊。
     比如，某房地产开发企业成片受让土地100000平方米，取得土地使用权所支付的金额为30000万元，分两期开发，一期占地60000平方米，二期占地40000平方米，那么两期取得土地使用权的成本可按总金额的60%、40%来分摊，分别为18000万元、12000万元。但如果一期中承担的不可销售的公建配套和人防工程远大于二期工程，此时可按各期可售建筑面积来分摊，假设该项目容积率为2.3，一期可售建筑面积130000平方米，二期可售建筑面积90000平方米，则一期应分摊的土地成本为17727.27万元（30000÷220000×130000），二期应分摊的土地成本为12272.73万元（30000÷220000×130000）。与第一种分摊方法相比，略有差异。
      四、以“拆一还一”方式安置原地拆迁户的拆迁成本确认问题
许多居民在某一地方居住久了，产生了故土难离的情结，除了政府拆迁进行市政工程外，如果是开发商进行房地产开发，大都要求回迁，这样开发商的开发产品就有一部分不能正常销售，需要用于安置原地拆迁户。
     [案例]某房地产开发企业开发A项目，可销售开发产品60000平方米，根据市场定价为5000元/平方米，其中有10000平方米要按“拆一还一”的方式归还给拆迁户，每平方米收取700元。假设当初根据拆迁户的装修等情况共支付过渡费在内的各种补偿费800万元。那么如何确定这项目的拆迁成本呢？
      根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第一款规定，“房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产, 其收入按下列方法和顺序确认：（1）按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；（2）由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。”因此房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，价格就是正常的市场售价5000元。
      根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第六条第一款的规定，在按每平方米5000元确定销售收入的同时，“确认此房地产开发项目的拆迁补偿费，同时房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。”
      本案例中，“拆一还一”开发产品视同销售收入是5000万元（10000×5000），另外支付给拆迁户的过渡费等补偿支出是800万元，收到拆迁户支付的开发产品差价款700万元（10000×700）。因此该项目的拆迁补偿费总额是5100万元（5000+800-700）。
     五、关于20%的加计扣除问题
   （一）不是所有实际支付的房地产开发成本均能加计20%扣除
     由于纳税人取得土地使用权后投入资金开发房地产，将生地变为熟地后转让，属于国家鼓励的投资行为，因此，在计算应纳土地增值税时，不仅可以从转让收入中扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用、开发土地和新建房及配套设施的成本和相关费用，以及与转让房地产有关的税金，而且，还允许按“取得土地使用权所支付的金额”和“房地产开发成本”之和加计20%扣除。
      但是房地产企业在进行土地增值税清算时，并不是所有实际发生的房地产开发成本均能享受加计20%扣除的优惠。
    财税[1995]48号规定，对于县级及县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，如果代收费用作为转让收入计税的，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计20%扣除的基数。
      由于土地增值税是地方税，具体操作办法由各地地方税务机关制定实施，所以全国各地不完全一样，有时同一省的不同省辖市之间也有差异。目前一般有以下费用是作为政府代收费不允许加计扣除，（1）按规划许可证建筑面积在领取规划许可证时缴纳的“市政公用基础设施配套费”，主要用于包括城市主次干道、给排水、路灯、公共交通、环境卫生和园林绿化等项目的建设和维护；（2）按规划许可证的建筑面积缴纳的防空地下室易地建设收费（即常讲的人防费），如果房地产开发企业实际建造了防空地下室，则可根据验收情况予以返还；（3）按规划许可证建筑面积在领取规划许可证时预缴的新型墙体材料专项基金，根据实际使用新型墙体材料情况经验收可予以返还；（4）按建筑面积在领取规划许可证时缴纳的白蚁防治费；（5）按建筑面积缴纳的散装水泥专项基金（散装水泥是指不用纸袋等包装，直接通过专用器具出厂、运输、贮存和使用的水泥），在工程竣工验收并办理验收备案后予以返还。
      按照房地产企业财务会计制度规定，以上支出在“开发成本”中列支，收到返还的上述资金应冲减开发成本，在进行土地增值税清算时，应将上述实际支付的政府代收费用从“开发成本”调入“财政部规定的其他扣除项目”，不享受加计20%扣除的优惠。
    （二）不是所有房地产项目都有20%的加计扣除
     一般房地产开发项目，在计算土地增值税时，可以按照“取得土地使用权时所支付的金额”和“房地产开发成本”之和加计20%扣除的优惠。但是，对取得土地使用权后，未进行开发即转让土地使用权的，在计算应纳土地增值税时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金，不得加计扣除取得土地使用权时所支付金额的20%。这样规定的目的，主要是国家为了抑制炒买炒卖地皮的投机行为。
      六、关于取得的施工企业发票合规性问题
      根据国家税务总局《不动产、建筑业营业税项目管理及发票使用管理暂行办法》（国税发[2006]128号）等的规定，各地税务机关对建筑业和房地产业营业税实行项目管理制度，建筑工程、房地产项目实行属地管理。
      这里的房地产企业是指专业从事房地产开发及销售业务的企业。建筑业是指建筑安装工程作业，包括建筑、安装、修缮、装饰和其他工程作业。
      根据《中华人民共和国营业税暂行条例》（国务院540号令）第十四条第一款规定，“纳税人提供建筑业劳务”，应当向应税劳务发生地主管税务机关申报纳税。
      税务机关对纳税人自查中发现的不合规建筑业统一发票，允许及时进行调换处理，但对税务机关检查中发现的不合规发票，不允许调换，也不得在进行土地增值税清算时作为成本扣除，更谈不上加计扣除。因此从事房地产开发的纳税人应重视开发成本中施工单位提供的建筑业统一发票的合规性审查。
      七、房地产开发费用的扣除问题
       房地产开发费用是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用，也就是我们通常所说的“期间费用”。分以下两种情况：
      一是财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。
      比如，某房地产开发项目，经准确计算分摊并能够提供金融机构证明的银行贷款利息3400万元，虽然“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和是60000万元，此时也允许按实际支付的3400万元贷款利息进行扣除。
      此时，对除利息支出以外的银行手续费、管理费用、销售费用，可按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
      比如，某房地产开发企业是委托房屋销售公司进行销售的，销售佣金占了销售费用很大的比例，为了销售又做了大量的广告，发生了很多的广告宣传费，假设除银行贷款利息支出以外的银行手续费、管理费用、销售费用总金额3800万元（这些费用均取得了符合税法规定的票据），那么在进行土地增值税清算时如何扣除呢？按照前后出台的所有土地增值税政策文件，是在“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和5%以内限额扣除，假设“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和是60000万元，那么在进行土地增值税清算时，允许扣除的除利息支出以外的其他开发费用是3000万元（60000×5%），而不是实际发生的3800万元。
     在这里要注意对“利息最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额”的理解，根据财税[1995]48号要把握以下两点，一是利息的上浮幅度按国家的有关规定执行，超过上浮幅度的部分不允许扣除；二是对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。
      对金融机构证明问题，一般来说，房地产开发企业向银行贷款使用的《借款合同》、《抵押合同》或《保证合同》、借据、利息结算单据等，都可以作为金融机构的证明对待。
      二是凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，利息支出不得单独计算，而应并入房地产开发费用中一并计算扣除。在这种情况下，允许扣除的“房地产开发费用”按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。
      上述具体适用的比例按省级人民政府此前规定的比例执行。
　　根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）的规定，全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。
      即允许扣除的房地产开发费用=（取得土地使用权所支付的金额+房地产开发成本）×规定比例
      假设某房地产开发企业，自有资金较多，销售情况又十分好，“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和是60000万元，发生的财务费用、销售费用、管理费用总额是4500万元，按照税法规定，在进行土地增值税清算时，可以扣除的开发费用金额是6000万元（60000×10%），而不是实际发生的4500万元。
      八、未售营业用房及车库的扣除项目金额保留问题
      通常一个开发项目既有普通住宅，又有营业用房（一般是底层商铺），车库（可能在地上，也可能地下）。如果全部销售完毕，则不存在保留扣除项目金额的问题。
      但一般进行土地增值税清算的项目，通常没有销售完毕，都会有部分商铺或普通车库或商品房未销售，他们的单位售价有时相差较大，此时如果各种开发产品的单位扣除项目金额均按相同的金额保留，显然不合理。
       一般情况下，已售开发产品扣除项目金额为开发产品总扣除项目金额减去未售开发产品的扣除项目金额后的余额。但有时未售开发产品扣除项目金额的确定，会成为税企双方争议的焦点。
      为确保已售面积土地增值税增值额的合理性，同时解决以后营业用房销售后因售价与扣除成本差异过大、增值率高、税负不均等问题，一些地方的税务机关对房地产开发企业土地增值税清算中未售营业用房及车库成本保留采用的售价系数分摊法值得借鉴。
      下面以一个案例来对此方法加以说明。
      假设某小区共有普通住宅（不是普通标准住宅）、商铺、车库的可售建筑面积分别是80000m2、6000 m2、12000 m2，合计98000 m2。它们的平均售价分别是5000元、13000元、2000元，总扣除项目金额40000万元（含加计扣除费用，不包括已交的营业税等税金），在这里，已对个别价格明显偏低的情况进行过修正。
      将普通住宅商品房的平均售价作为参数1，商铺的平均售价则为2.6（13000÷5000）、车库平均售价则为0.4（2000÷5000）。然后用此系数与各自的可售建筑面积相乘，得到调整后的可售建筑面积，如下表：

    这样可计算出普通住宅、商铺、普通车库应分摊的总扣除项目金额为：
      普通住宅：40000÷100400×80000=31872.50996万元
      商铺：40000÷100400×15600=6215.13944万元
      普通车库：40000÷100400×4800=1912.35060万元
      再按折算前的可售建筑面积计算各开发产品的单位可扣除项目金额：
      普通住宅：318725099.60元÷80000=3984.06元
      商铺：62151394.40元÷6000=10358.56元
      普通车库：19123506.00元÷12000=1593.63元
      从这里可以看出，调整后的不同开发产品的单位可扣除金额不一样，并且相差较大，但与各自的售价是配比的。
      假设在进行土地增值税清算时，普通住宅、商铺、普通车库的已售、未售建筑面积如下表：

这样在进行土地增值税清算时可计算出已售开发产品除营业税金外的可扣除金额=75000×3984.06+5600×10358.56+11000×1593.63= 374,342,366.00元
对未售开发产品除营业税金外的应保留的可扣除金额
=5000×3984.06+400×10358.56+1000×1593.63= 25,657,634.00元
      由于在计算单位扣除金额时四舍五入除不尽，所里在应保留的可扣除金额进行过微调。
      需要注意的是，这里的单位可扣除金额与单位计税成本不一样，一是增加了20%的加计扣除费用，二是将开发成本中的资本化利息支出改为调整后的开发费用。