2009年4月30日，财政部和国家税务总局发布财税〔2009〕59号《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》，针对企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等若干企业重组行为的企业所得税处理进行了规定，2010年7月26日，国家税务总局以2010年第4号公告的形式，发布了《企业重组业务企业所得税管理办法》，对企业重组行为的企业所得税处理作了进一步详细的解释。

关于适用特殊性税务处理的吸收合并，合并企业如何弥补的被合并企业亏损，财税〔2009〕59号文件规定，可有合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截止合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。国家税务总局2010年第4号公告进一步规定：《通知》第六条第（四）项所规定的可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额，是指按《税法》规定的剩余结转年限内，每年可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额。

根据财税〔2009〕59号文件和国家税务总局2010年第4号公告，在确定可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额时，要注意的几个要素是：要获得被合并企业净资产的公允价值；

截止合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率，是唯一的，不是变动的，合并业务发生当年之后，再有更长期限的国债利率，也不影响之前国债利率的确定；计算得到的可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额，不是一次性的，而是每年都有的，但是最长年限应是被合并企业未弥补亏损税法规定的剩余结转年限。

现举例解释特殊性税务处理下吸收合并如何进行亏损弥补：

假设A公司2012年吸收合并B公司，合并前B公司账面净资产为300万元，允许税前弥补而尚未弥补的亏损为1850万元。经中介机构评估后B公司净资产的公允价值为4200万元。合并后当年2012年实现的应纳税所得额为1000万元。合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率为5%，亏损弥补计算如下表：（单位：万元）

                 吸收合并特殊性税务处理亏损弥补例解

注1：可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业合并时净资产公允价值4200万×合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率5%=210；

注2：税法可弥补亏损，按照上年末“税法弥补后在5年弥补期限内的剩余亏损合计”、本年“合并后应纳税所得额”与本年“可由合并企业弥补的被合并企业亏损限额”孰低确定，最低值为负数则税法可弥补亏损为零；

注3：税法弥补后在5年弥补期限内的剩余亏损合计，按照上年末“税法弥补后在5年弥补期限内的剩余亏损合计”减去本年“税法可弥补亏损”所得金额与本年末“尚在5年弥补期限内的亏损合计”孰低确定，比如2013年，上年末“税法弥补后在5年弥补期限内的剩余亏损合计”减去本年“税法可弥补亏损”=1640-200=1440，本年末“尚在5年弥补期限内的亏损合计”1400，则2013年末“税法弥补后在5年弥补期限内的剩余亏损合计”为1400。

上述举例未考虑合并企业在合并前也有亏损的情况，如果实际情况是合并企业在合并前有尚未弥补的亏损，则合并企业的亏损先按照正常情况弥补，然后，再按照上例计算如何弥补被合并企业的亏损。