目前，事业单位提取专用基金的会计事项还不够规范。
    主要表现是：在提取职工福利基金方面，有的按工资总额的2.5%或6%提取，有的按工资总额的11%或14%提取，也有部分事业单位不再提取职工福利基金；在提取修购基金方面，虽然执行提取的事业单位不多，但是其提取比例与提取依据也不尽相同；且未能提供相关的政策依据。
   
三个关键节点
    无论过去如何提取专用基金，2012年4月1日开始执行《事业单位财务规则》（财政部令第68号）以后，事业单位应当按照以下方法办理。
    第一，专用基金管理原则。专用基金，是指事业单位按照规定提取或者设置的有专门用途的资金。专用基金管理应当遵循先提后用、收支平衡、专款专用的原则，支出不得超出基金规模。
    专用基金包括修购基金、职工福利基金和其他基金。
    财政部《关于事业单位提取专用基金比例问题的通知》（财教〔2012〕32号）规定了职工福利基金提取比例的上限，即事业单位职工福利基金的提取比例，在单位年度非财政拨款结余的40%以内确定。国家另有规定的，从其规定”。同时，也规定了“地方事业单位职工福利基金和修购基金的提取比例，由省级财政部门参照本通知的有关规定，结合本地实际确定。
    第二，修购基金。对于事业单位应当提取修购基金的，尚无明确规定。由于其涉及到财务预算，应由主管部门会同同级财政部门确定提取修购基金的具体单位和提取比例；明确由于事业收入和经营收入较少而不提取修购基金的具体事业单位；实行固定资产折旧的事业单位不提取修购基金。
    修购基金按当期事业收入、经营收入分别乘以规定的提取比例得出。会计分录如下。
    按事业收入提取修购基金时：借：事业支出—— —基本支出—— —购置费（按提取修购基金的50%）修缮费（按提取修购基金的50%）贷：专用基金—— —修购基金按经营收入提取修购基金时：借：经营支出—— —管理费用—— —计提修购基金贷：专用基金—— —修购基金纳税调整时，事业单位不征税收入以外实现的事业结余和依法开展经营活动实现的经营利润，按照税法规定，    应当缴纳企业所得税。按事业收入和经营收入提取的修购基金，尚未出台可以税前扣除的规定，因此，需做纳税调整。
    第三，职工福利基金。提取依据为按非财政拨款结余的一定比例提取。只有实现非财政拨款结余的事业单位才能提取职工福利基金。
    按税法规定计提应纳企业所得税后的非财政拨款结余，乘以规定的提取比例得出职工福利基金，实际上是对税后利润的分配。也就是说，只有在进行非财政拨款利润税后分配时，才能提取职工福利基金。
    做会计分录时，借记非财政补助结余分配，贷记专用基金—— —职工福利基金。
    需要注意的是，《事业单位财务规则》和财政部《关于事业单位提取专用基金比例问题的通知》都明确规定了提取职工福利基金的范围是非财政拨款结余，而涉及到《事业单位会计制度》的会计科目是非财政补助结转和非财政补助结余分配。
    财政拨款与财政补助有什么区别呢？财政拨款包含的内容比较广泛，一般把财政拨入的款项均统称为财政拨款；财政补助比较专项，如贴息补助、价格补贴、拆迁补偿、税收返还等。《事业单位财务规则》使用的财政拨款和《事业单位会计制度》使用的财政补助并不矛盾，只是站在不同的角度。
    在会计核算中使用财政补助更为确切。而非财政拨款结余或者非财政补助结余应当是指事业结余与经营结余之和。
    非财政补助结余的计算可按以下步骤进行：本年事业结转结余=事业类收入-事业类支出本年经营结余=经营收入-经营支出弥补以前年度亏损后经营结余=本年经营结余-年初未弥补经营亏损本年非财政补助结转结余=本年事业结转结余+弥补以前年度亏损后经营结余（正数）非财政补助结转=本年专项资金收入-本年专项资金支出非财政补助结余=本年非财政补助结转结余-非财政补助结转计提应纳所得税额=应纳税所得额×税率提取职工福利基金=税后非财政补助结余×规定比例
三种情况要留心
    另外，事业单位还需要注意三种情况。
    第一，全额预算事业单位，不提取专用基金。
    第二，差额预算事业单位都有事业收入，其中部分单位还有经营收入，应当按照《事业单位财务规则》规定的提取依据，以及主管部门会同同级财政部门的规定提取专用基金。行业事业单位财务制度另有规定的，从其规定。
    第三，自收自支事业单位，包括纳入企业财务管理体系的事业单位和事业单位附属独立核算的生产经营单位；事业单位经营的接受外单位要求投资回报的项目；经主管部门和财政部门批准的具备条件的其他事业单位，应当按照《企业财务通则》（财政部令第41号）中的相关规定和《财政部关于企业加强职工福利费财务管理的通知》规定执行。