关于税务机关查补收入及所得能否弥补以前年度亏损,根据国家税务总局在新的企业所得税颁布之前的有关规定，查补收入均不能用于弥补以前年度亏损。《国家税务总局关于企业所得税若干业务问题的通知》（国税发〔1997〕191号）第一条关于纳税检查中查出问题的处理规定，对纳税人查增的所得额，应先予以补缴税款，再按税收征管法的规定给以处罚。其查增的所得额部分不得用于弥补以前年度的亏损。到了2006年，《国家税务总局关于修订企业所得税纳税申报表的通知》（国税发〔2006〕56号）规定，查补的应纳税所得额，应并入所属年度的应纳税所得中，按税法规定计算应补税额，但不得弥补以前年度亏损，不得作为计算公益、救济性捐赠税前扣除的基数。
    新的企业所得税法颁布后，国家税务总局改变了规定，规定查补收入可用于弥补以前年度亏损。根据《关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》（国家税务总局公告2010年第20号）的规定，“税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。”也就是说，查补收入可以弥补以前年度亏损。
    案例2：B公司为增值税一般纳税人。2012年经税务机关检查后确定需调增2011年的应纳税所得额100万元。B公司2010年及以前年度存在亏损，且作了亏损鉴定证明。请问B公司这笔查补的税款是否可以弥补以前年度的亏损？怎样弥补？分析：国家税务总局公告2010年第20号规定查补收入    可以弥补以前年度亏损，但是查补的税款弥补以前年度亏损具体存在以下3种情况：第一种情况是允许调增的应纳税所得额弥补该亏损后，仍然存在可弥补亏损，不存在补税问题，但应调减可弥补亏损额。假设B公司2009年度的纳税申报表中，B公司申报的亏损是200万元，2010年应纳税所得50万元，弥补以前年度亏损50万元，累计可结转以后年度弥补的亏损额150万元。2012年经税务稽查应调增2011年度应纳税所得100万元。经调整后结转以后年度的弥补亏损额50万元，那么B公司就不存在补税处理的问题。第二种情况是允许调增的应纳税所得额弥补该亏损后，有盈余的，还应就调整后的应纳税所得按适用税率补缴企业所得税。假设在2009年度的纳税申报表中，B公司申报的亏损是100万元，2010年应纳税所得50万元，弥补以前年度亏损50万元，累计可结转以后年度弥补的亏损额50万元。2012年经税务稽查应调增2011年度应纳税所得100万元。经调整后发生盈余50万元，这50万元应按适用税率补税。第三种情况是查增的所得    额不允许向后弥补。假如B公司2012年亏损40万元，2011年查增的所得额弥补以前年度亏损后尚余50万元，不得用于弥补2012年的亏损，即税务机关检查增加的应纳税所得额不得弥补检查所属年度以后年度的亏损。
    特别需要注意的是，允许弥补亏损并不等于免予处罚。国家税务总局公告2010年第20号规定，对检查调增的应纳税所得额应根据其情节，依照《税收征管法》有关规定进行处理或处罚。在行为当年或相关年度造成不缴或少缴应纳税款，如属于偷税的，适用《税收征管法》第六十三条第一款规定：由税务机关追缴其不缴或者少缴的所得税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。另一个是追溯效力的问题。公告自2010年12月1日开始执行。以前（含2008年度之前）没有处理的事项，也按本规定执行。对于企业故意虚报亏损，税收征管法第六十三条、第六十四条涉及相关规定，具体如何处罚，要看纳税人违反税法的行为和当地税务机关的意见，纳税人切不可掉以轻心。