近日，国家税务总局稽查局关于2018年股权转让检查工作指导意见指出，各地方政府过去普遍实行的对有限合伙制基金征收20%所得税的政策，被认为违反了相关规定，应适用“个体工商户生产经营所得”项目缴纳个人所得税，五级累进税率最高35%。消息传来，投资圈顿时一片哗然，反应强烈。

那么，税务总局稽查局这样解释真的没有问题吗？

《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发[2000]16号）规定：“自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税”。可以说，这个文件奠定了合伙企业缴纳个人所得税的基础。

《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）第八条规定：“个体工商户从事生产经营以及与生产经营有关的活动（以下简称生产经营）取得的货币形式和非货币形式的各项收入，为收入总额。包括：销售货物收入、提供劳务收入、转让财产收入、利息收入、租金收入、接受捐赠收入、其他收入”。一般认为，股权转让收入属于财产转让收入，在这个文件里，财产转让收入被划入个体工商户生产经营收入，而个体工商户生产经营所得适用5%-35%五级累进税率。这就是合伙企业股权转让最高35%缴纳个人所得税的主要依据。

然而几乎就在同一时间，国家税务总局出台了《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号），《办法》第二条 “本办法所称股权是指自然人股东（以下简称个人）投资于在中国境内成立的企业或组织（以下统称被投资企业，不包括个人独资企业和合伙企业）的股权或股份”和第四条“个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税”规定，自然人股东转让股权按照“财产转让所得”缴纳个人所得税，而根据《个人所得税法》第三条的规定，“财产转让所得”的税率是20%。

根据《民法总则》和《民法通则》的规定，将个体工商户和农村承包经营户归类为自然人，也就是说，个体工商户转让股权的税率也应该是20%；换句话说，个体工商户按照生产经营所得纳税的收入中不包括转让股权的收入。照此推理，根据国发[2000]16号文件的规定，合伙企业的生产经营所得中应该也不包括转让股权的收入，所以，合伙企业转让股权的个人所得税税率也应该是20%。这在法理和逻辑上是清晰的。

需要注意的是，个体工商户能否成为股东，目前的法规没有明文规定，实践中也说法不一。根据《财政部国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税字[1994]020号）第一条第三项：“个体工商户与企业联营而分得的利润，按利息、股息、红利所得项目征收个人所得税”的规定精神，税法对个体工商户作为股东是认可的。

根据上述分析，我们认为，对于合伙企业转让股权个人所得税，无论是按照20%纳税还是按照35%纳税，在税法上都是有相关依据的。各地地方政府和地税机关对有限合伙制私募基金按照20%征收个人所得税制定的政策在税务总局层面都是有依据的，并没有违反上位法。所以，这次稽查局对合伙企业转让股权个人所得税“一刀切”按照5%-35%征税，在税法上不是完全能够站住脚。

此外，对于部分地区的法院判例里有一个原则，就是对这种同一部门针对同一事项有着不同规定的，应支持对相对人有利的解释。所以，如果有纳税人对稽查局的这种征税行为提出行政诉讼，稽查局败诉的可能性还是非常大的。