4月30日，为方便纳税人办理留抵退税业务，国家税务总局发布《国家税务总局关于办理增值税期末留抵税额退税有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第20号，以下简称20号公告），自2019年5月1日起施行。该文件在《关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号，以下简称39号公告）的基础上明确了有关留抵退税事项，此次新明确的事项有：

一、申请时间细化

39号公告规定了纳税人应在增值税纳税申报期内，向主管税务机关申请退还留抵税额。

20号公告进一步明确：

纳税人申请办理留抵退税，应于符合留抵退税条件的次月起，在增值税纳税申报期（以下称申报期）内，完成本期增值税纳税申报后，通过电子税务局或办税服务厅提交《退（抵）税申请表》。即从符合留抵退税条件的次月起，并非必须在次月纳税申报期内完成。

案例1：某增值税一般纳税人，2019年4月至9月连续6个月符合退税条件，可以是在10月申报期完成9月纳税申报后，也可以在11月或以后月份的申报期完成本期增值税纳税申报后，通过电子税务局或办税服务厅提交《退（抵）税申请表》。

二、与免抵退税的衔接

39号公告规定，纳税人出口货物劳务、发生跨境应税行为，适用免抵退税办法的，办理免抵退税后，仍符合规定条件的，可以申请退还留抵税额；适用免退税办法的，相关进项税额不得用于退还留抵税额。即两者办理的先后顺序是先免抵退税后留抵退税。

20号公告进一步明确了：

1.纳税人出口货物劳务、发生跨境应税行为，适用免抵退税办法的，可以在同一申报期内，既申报免抵退税又申请办理留抵退税。

2.申请办理留抵退税的纳税人，出口货物劳务、跨境应税行为适用免抵退税办法的，应当按期申报免抵退税。当期可申报免抵退税的出口销售额为零的，应办理免抵退税零申报。

3.纳税人既申报免抵退税又申请办理留抵退税的，税务机关应先办理免抵退税。办理免抵退税后，纳税人仍符合留抵退税条件的，再办理留抵退税。

4.纳税人在同一申报期既申报免抵退税又申请办理留抵退税的，或者在纳税人申请办理留抵退税时存在尚未经税务机关核准的免抵退税应退税额的，应待税务机关核准免抵退税应退税额后，按最近一期《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额，扣减税务机关核准的免抵退税应退税额后的余额确定允许退还的增量留抵税额。

　　税务机关核准的免抵退税应退税额,是指税务机关当期已核准，但纳税人尚未在《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》第15栏“免、抵、退应退税额”中填报的免抵退税应退税额。

案例2：某生产型出口企业适用增值税免抵退税办法，征税率13%，出口退税率为13%，2019年9月单证、信息齐全的出口货物销售额120万元，内销货物不含税销售额为80万元，国内购进一批原材料，增值税专用发票上注明的价款为1000万元，增值税额为130万元，上期留抵税额为0。假设该企业3月期末留抵税额为0，4-9月符合留抵退税条件，进项构成比例为90%，2019年10月15日申报免抵退税又申请办理留抵退税，于2019年11月5日，免抵退税应退税额经税务机关核准，2019年10月的期末留抵税额为130万元。

解析：2019年9月所属期免抵退税额=120×13%=15.6（万元）

2019年9月应纳增值税额=80×13%-130=10.4-130=-119.6万元

当期应退税额15.6万元

9月期末留抵税额为119.6万元。

计算允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%=119.6×90%×60%=64.58万元。

2019年11月5日，税务机关核准免抵退税应退税额15.6万元，自免抵退税应退税额核准之日起10日内，假设11月12日税务机关完成留抵退税审核，应按最近一期即10月《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额130万元，扣减税务机关核准的免抵退税应退税额15.6后的余额114.4万元确定允许退还的增量留抵税额为64.58万元。

5.在纳税人办理增值税纳税申报和免抵退税申报后、税务机关核准其免抵退税应退税额前，核准其前期留抵退税的，以最近一期《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额，扣减税务机关核准的留抵退税额后的余额，计算当期免抵退税应退税额和免抵税额。

税务机关核准的留抵退税额,是指税务机关当期已核准，但纳税人尚未在《增值税纳税申报表附列资料（二）（本期进项税额明细）》第22栏“上期留抵税额退税”填报的留抵退税额。

案例3：某企业2019年4-9月符合留抵退税相关条件，9月所属期可申报免抵退税的出口销售额为零，已按规定办理了免抵退税零申报。2019年11月4日通过电子税务局或办税服务厅提交《退（抵）税申请表》如下图。

同时，该企业于2019年11月8日办理了10月的纳税申报和免抵退税申报，10月留抵税额为70万元。

税务机关于2019年11月10日完成留抵退税审核，并向其出具准予留抵退税的《税务事项通知书》准予退还9月的增量留抵税额36万元。

此时企业尚未在《增值税纳税申报表附列资料（二）（本期进项税额明细）》第22栏“上期留抵税额退税”填报的留抵退税额36万元，应以最近一期2019年10月《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额70万，扣减税务机关核准的留抵退税额后36万的余额34万元，计算当期免抵退税应退税额和免抵税额。

三、新明确税务机关审核确认

20号公告明确，税务机关按照“窗口受理、内部流转、限时办结、窗口出件”的原则办理留抵退税。税务机关对纳税人是否符合留抵退税条件、当期允许退还的增量留抵税额等进行审核确认，并将审核结果告知纳税人。分以下几种情形：

（一）税务机关在办理留抵退税期间，发现符合留抵退税条件的纳税人存在以下情形，暂停为其办理留抵退税(以下简称暂停办理留抵退税情形）

　　1.存在增值税涉税风险疑点的；

　　2.被税务稽查立案且未结案的；

　　3.增值税申报比对异常未处理的；

　　4.取得增值税异常扣税凭证未处理的；

　　5.国家税务总局规定的其他情形。

如上述增值税涉税风险疑点等情形已排除，且相关事项处理完毕后，按以下规定办理：

　　1.纳税人仍符合留抵退税条件的，税务机关继续为其办理留抵退税，并自增值税涉税风险疑点等情形排除且相关事项处理完毕之日起5个工作日内完成审核，向纳税人出具准予留抵退税的《税务事项通知书》。

　　2.纳税人不再符合留抵退税条件的，不予留抵退税。税务机关应自增值税涉税风险疑点等情形排除且相关事项处理完毕之日起5个工作日内完成审核，向纳税人出具不予留抵退税的《税务事项通知书》。

　　税务机关对发现的增值税涉税风险疑点进行排查的具体处理时间，由各省（自治区、直辖市和计划单列市）税务局确定。

　　3.税务机关对增值税涉税风险疑点进行排查时，发现纳税人涉嫌骗取出口退税、虚开增值税专用发票等增值税重大税收违法行为的，终止为其办理留抵退税，并自作出终止办理留抵退税决定之日起5个工作日内，向纳税人出具终止办理留抵退税的《税务事项通知书》。

　　税务机关对纳税人涉嫌增值税重大税收违法行为核查处理完毕后，纳税人仍符合留抵退税条件的，可按照本公告的规定重新申请办理留抵退税。

（二）纳税人符合留抵退税条件且不存在暂停办理留抵退税情形的，税务机关应自受理留抵退税申请之日起10个工作日内完成审核，并向纳税人出具准予留抵退税的《税务事项通知书》。纳税人既申报免抵退税又申请办理留抵退税的，上述10个工作日，自免抵退税应退税额核准之日起计算。

(三）纳税人不符合留抵退税条件的，不予留抵退税。税务机关应自受理留抵退税申请之日起10个工作日内完成审核，并向纳税人出具不予留抵退税的《税务事项通知书》。

四、增量留抵税额的确认

39号公告规定，增量留抵税额，是指与2019年3月底相比新增加的期末留抵税额。纳税人当期允许退还的增量留抵税额，按照以下公式计算：

允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%

进项构成比例，为2019年4月至申请退税前一税款所属期内已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。

20号公告进一步明确了，纳税人在办理留抵退税期间发生下列情形的，按照以下规定确定允许退还的增量留抵税额：

　　（一）因纳税申报、稽查查补和评估调整等原因，造成期末留抵税额发生变化的，按最近一期《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额确定允许退还的增量留抵税额。

案例4：某增值税一般纳税人符合留抵退税条件。2019年3月期末留抵为10万元，2019年9月期末留抵税额68万元，进项构成比例为90%。分以下几种情形：

1.假设该企业2019月10月申报期申请退还留抵税额：

该企业允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%=58×90%×60%=31.32万元。

2.假设该企业2019月11月申报期申请退还10月的留抵税额：

2019年10月，销项税额56万，进项税额10万，上期留抵税额68万，期末留抵税额为22万元。

则该企业属于因纳税申报造成期末留抵税额发生变化的，按最近一期《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额确定允许退还的增量留抵税额为22万元。

企业取得退还的留抵税额后，应相应调减当期留抵税额，2019年10月的期末留抵由22万元变为0。

借：银行存款 220000

贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）220000

　（二）纳税人在同一申报期既申报免抵退税又申请办理留抵退税的，或者在纳税人申请办理留抵退税时存在尚未经税务机关核准的免抵退税应退税额的，应待税务机关核准免抵退税应退税额后，按最近一期《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额，扣减税务机关核准的免抵退税应退税额后的余额确定允许退还的增量留抵税额。

　　税务机关核准的免抵退税应退税额,是指税务机关当期已核准，但纳税人尚未在《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》第15栏“免、抵、退应退税额”中填报的免抵退税应退税额。

举例见案例2

　　（三）纳税人既有增值税欠税，又有期末留抵税额的，按最近一期《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额，抵减增值税欠税后的余额确定允许退还的增量留抵税额。

案例5：某增值税一般纳税人符合留抵退税条件。2019年3月期末留抵为10万元，2019年9月期末留抵税额68万元，进项构成比例为90%。该企业2019月10月申报期申请退还留抵税额：

计算允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%=58×90%×60%=31.32万元。

假设经税务稽查，该企业2018年5月应补缴增值税50万元，企业因资金困难形成欠税。

企业应按最近一期《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额，抵减增值税欠税后的余额确定允许退还的增量留抵税额，即允许退还的增量留抵税额=2019年9月的期末留抵税额68万-欠税50万=18万元。

五、后续事项

39号公告规定，纳税人取得退还的留抵税额后，应相应调减当期留抵税额。按照本条规定再次满足退税条件的，可以继续向主管税务机关申请退还留抵税额，但规定的连续期间，不得重复计算。以虚增进项、虚假申报或其他欺骗手段，骗取留抵退税款的，由税务机关追缴其骗取的退税款，并按照《中华人民共和国税收征收管理法》等有关规定处理。

20号公告进一步明确，纳税人应在收到税务机关准予留抵退税的《税务事项通知书》当期，以税务机关核准的允许退还的增量留抵税额冲减期末留抵税额，并在办理增值税纳税申报时，相应填写《增值税纳税申报表附列资料（二）（本期进项税额明细）》第22栏“上期留抵税额退税”。