企业取得虚开增值税发票如何进行企业所得税处理？这个问题争议较大。笔者认为，接受虚开发票（尤其是善意取得）不代表其相应的支出就不合法。发票只是支出的一种外在表现形式。按照“实质重于形式”的税收原则，税务机关仅仅以虚假发票认定企业相应支出不得在所得税税前扣除，否定企业的相应经营成本，既不符合企业所得税法的规定，也得不到司法部门的认同。因此，对于取得的不合法发票，还是要立足于对其业务真实性的查证。

从企业所得税法的规定可以看出，企业所得税的征税思维是“查账征收”，而不是“查票征收”，计征企业所得税需要通过查实收入和各项扣除得出应纳税所得额后得以确认。

根据企业所得税法及其实施条例的规定，企业的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，只要是实际发生、与取得的收入直接相关、符合生产经营活动常规的都可以在税前扣除，此为税前扣除的真实性、相关性与合理性。真实性、相关性与合理性如何认定呢？笔者认为，发票只是允许税前扣除的凭证之一，其他相关凭证如合同、检验单、入库单、出库单、付款单据、实际耗用量、内部决议、裁判文书、工艺要求与标准等同样可以证明支出的真实性、相关性与合理性。

2003年，国家税务总局发布《关于外商投资企业和外国企业通过虚开增值税专用发票购进的货物所得税处理问题的批复》（国税函〔2003〕112号），其中规定：“如果企业不能依法取得合法购货发票，无法确定其支付货款的真实性和准确性，其购进货物所支付的货款，在计算应纳税所得额时，不得作为成本费用扣除。”该文件对不能依法取得合法购货发票不得扣除是有前提条件的，即“无法确定其支付货款的真实性和准确性”。但是，这个文件自2011年1月4日起已全文废止。目前，企业所得税法及其实施条例等均未规定发票合法性是所得税税前扣除的必要条件，更对企业取得的虚开增值税发票如何进行企业所得税处理没有明确的规定。司法部门对是否仅凭不合法凭证直接补征企业所得税认识也不一致，但最近的2015年的两件终审判决均不支持补征企业所得税。

笔者认为，纳税人实施了涉税违法甚至犯罪行为给国家税收造成了严重的损失，同时破坏了国家的税收管理秩序，理应受到严惩，但即便是作为违法犯罪行为人，其合法权益依然应当受到法律的保护，补征的税款应该是纳税人本来应履行的纳税义务，也就是只有国家税收受到的实际损失才应当是税务机关对违法犯罪纳税人补征的税款，至于纳税人应该接受的处罚可以根据情节轻重予以另行决定。笔者认为，企业如果能够提供其业务真实性的凭据，或税务稽查部门不能取得其支出虚假的证据，则不应就其接受的虚开发票补征企业所得税。

在被查实虚开增值税发票的情形下，企业积极向税务机关提供原先实际发生成本费用的支出凭证等，那么能否得到税务机关的追溯认可予以扣除呢？根据《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）的规定，笔者认为，在追补确认期限没有超过5年的情形下，应允许追溯补扣，并进一步确认发票相应货物是否存在，同时可以向企业发出限期提供其他合理支出凭据的《税务事项通知书》，给企业一个重新提供合理支出凭据的申辩和补充机会，有利于企业自我补充，追溯调整，同时有利于税务机关降低执法上的程序性风险，更有利于税务处理的做出和执行。

笔者认为，对符合税收征管法规定情形的可以实行核定征收。以江苏省丹阳市为例，接受虚开增值税发票的多为家族式企业，管理水平有限，企业规模小、人员少，利润总额及利润率都比较低，目前都还没有真正建立起一整套符合现代公司治理机制的模式和制度。受制于此，这些企业大都采取外聘财务人员兼职的方式做账，再加上成本费用有的发生在几年前，很难找到原始凭据，最终导致企业账册确实是不完备、不规范，查账征收确实有难度。如果受票企业符合税收征管法第三十五条实行核定征收的条件，税务机关采取核定征收的方式征收企业所得税，一方面有利于受票企业降低税收负担，也有利于税务机关节约资源，实现准确而迅速的结案。