企业分立是企业重组的重要形式之一，企业所得税、增值税、土地增值税有相应的税收优惠政策，比如企业所得税的特殊性税务处理、增值税资产重组不征税、土地增值税暂不征税等。三大税种的税收优惠条件不尽相同，且上述税收优惠并非强制适用，那么理论上按照是否适用上述税收优惠，存在2*2*2=8种情形（不考虑其他税收优惠），如下表：

三大税种是适用税收优惠的与否可能导致计税基础的差异及扣除凭证的现实问题。举个例子：分立涉及某房地产，原值1亿元，已计提折旧2000万元，净值8000万元（无税会差异），分立时公允价格（计税价格）1.6亿元。

情形5：企业所得税特殊性税务处理，增值税正常应税，土地增值税正常应税

假设分立后的企业取得含税金额1.6亿元的增值税专票，可申报抵扣票面进项，后续土地增值税清算成本计算基数1.6亿元（需进一步剔除进项），而所得税计税基础仍然为8000万元。

情形2：企业所得税正常应税，增值税不征税，土地增值税正常应税

分立后的企业可以取得不征税发票，这里有个很有意思的事情，本来非增值税行为是不应该开具增值税发票的，但对资产重组涉及的土地使用权、房屋等不动产，《国家税务总局关于增值税发票管理若干事项的公告》（总局公告2017年45号）明确可开具不征税发票，那么问题来了票面的金额应该填开哪个金额呢，增值税不征税自然也就没有了销售额，那么应该按所得税计税依据还是土地增值税计税依据来开，亦或是按历史成本来开，其实没有明确，尤其是所得税计税依据和土地增值税计税依据不一致的情况下（比如情形4、情形6、情形8），这个问题就更复杂了。

而且这种情形下，企业所得税计税基础或成本扣除依据就不能以增值税发票作为凭证了，应该辅之以分立协议、完税凭证、享受税收优惠备案等材料作为支撑。

情形7：企业所得税特殊性税务处理，增值税正常应税，土地增值税暂不征税

这种情况下增值税按1.6亿元开具增值税专票，但企业所得税按8000万元结转计税依据，土地增值税按1亿元确认成本，三税完全不一致，这里也提醒我们房地产从业者在确认成本时一定要注意确认被收购对象重大资产取得环节的完税凭证，切不可看到增值税发票就以为万事大吉了。