答：按照《国家税务总局关于支持个体工商户复工复业等税收征收管理事项的公告》(2020年第5号)第三条和《财政部 税务总局关于延长小规模纳税人减免增值税政策执行期限的公告》(2020年第24号)规定，你公司应当将适用减按1%征收率征收增值税的销售额填写在《增值税纳税申报表(小规模纳税人适用)》“应征增值税不含税销售额(3%征收率)”相应栏次，对应减征的增值税应纳税额按销售额的2%计算填写在《增值税纳税申报表(小规模纳税人适用)》“本期应纳税额减征额”及《增值税减免税明细表》减税项目相应栏次。

具体来说，你公司在办理三季度增值税纳税申报时，应当将销售额50万元[50.5/(1+1%)=50]的合计数50万元，填写在《增值税纳税申报表(小规模纳税人适用)》第1栏“应征增值税不含税销售额(3%征收率)”，对应减征的增值税应纳税额1万元(50×2%=1)，填写在第16栏“本期应纳税额减征额”栏次。同时，你公司应当将本期减征的增值税应纳税额填入《增值税减免税明细表》减税项目相应栏次，填报时应准确选择减税项目代码，准确填写减税项目本期发生额等相应栏次。