答：财政部、国家税务总局2020年第40号公告第三条规定，土地所有者依法征收土地，并向土地使用者支付土地及其相关有形动产、不动产补偿费的行为，属于财税〔2016〕36号第一条第（三十七）项的土地使用者将土地使用权归还给土地所有者免征增值税的情形。但第四条也规定，40号公告自发布之日（2020年9月29日）起执行。此前已发生未处理的事项，按本公告规定执行。贵公司的补偿款在40号公告发布前已申报缴纳增值税。也就是说贵公司的纳税事项已在2020年9月29日之前已进行了处理，不能按40号公告再进行处理了。