根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发【2006】187号）第二条规定，符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；4.省税务机关规定的其他情况。
根据《北京市地方税务局土地增值税清算管理规程》的公告（北京市地方税务局公告2016年第7号）第十三条规定，符合下列情况之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：（一）纳税人开发的房地产开发项目已竣工，且已转让的房地产建筑面积（含视同销售房地产）占项目全部可转让建筑面积在85%以上的，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用1年以上的。（二）取得销售（预售）许可证满3年仍未销售完毕的。
因此，房地产企业按照税务机关的要求进行土地增值税清算后，存在“尾房”销售的情况，那么计算清算后再转让房地产的土地增值税时要用到的“单位成本费用”该如何计算。
01
“单位成本费用”计算要扣除税金及附加
根据国税发【2006】187号第八条规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积
根据北京市地方税务局公告2016年第7号第四十六条（三）清算后再转让房地产扣除项目金额按清算时确认的普通住宅、其他商品房单位建筑面积成本费用乘以转让面积确认。
清算时单位建筑面积成本费用=本次清算扣除项目总金额÷清算的总已售面积
上述公式中，“本次清算扣除项目总金额”不包括纳税人进行清算时扣除的与转让房地产有关的税金。
相对比这两个文件：在单位建筑面积成本费用计算时规定不同，国税发【2006】187号第八条没有规定扣除项目总金额是否包含税金，而在北京市地方税务局公告2016年第7号第四十六条中明确规定“本次清算扣除项目总金额”不包括纳税人进行清算时扣除的与转让房地产有关的税金。显而易见，7号公告中对“本次清算扣除项目总金额”进行了完善。因为转让房地产有关的税金与清算时的收入和清算后再转让的收入有关，与建筑成本及清算面积没有内在关联。
02
“单位成本费用”计算需确定已售面积
在计算单位建筑面积成本费用时，国税发【2006】187号中规定：单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积，北京市地方税务局公告2016年第7号中规定：清算时单位建筑面积成本费用=本次清算扣除项目总金额÷清算的总已售面积，相对比这两个计算公式，当清算扣除项目总金额相同时，单位建筑面积成本费用计算结果不同，在一个房地产项目中，清算的总建筑面积因为包含公配等不可售部分会大于清算的总已售面积，因此在计算时，当清算扣除项目总金额相同，187号文的计算结果小于7号文的规定，这将直接影响企业清算后再转让房地产的土地增值税税额。
举例：甲房地产开发公司开发的鑫鑫小区（其他商品房），项目总建筑面积为10万平方米，总可售面积为9万平方米，该项目发生的可扣除项目总金额（不包含税金及附加，下同）为9000万元，在土地增值税清算时，已售面积为8.1万平方米，清算比例为90%，清算面积为9万平方米，清算时扣除项目总金额为8100万元，清算后再转让的面积为0.9万平方米，则单位建筑面积成本费用如何计算？
（1）根据国税发【2006】187号规定：
单位建筑面积成本费用
=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积
=8100÷9
=900（万元/平方米）
清算后再转让时扣除项目总金额
=单位建筑面积成本费用×转让面积
=900×0.9
=810万元
（2）根据北京市地方税务局公告2016年第7号规定：
清算时单位建筑面积成本费用
=本次清算扣除项目总金额÷清算的总已售面积
=8100÷8.1
=1000（万元/平方米）
清算后再转让时扣除项目总金额
=单位建筑面积成本费用×转让面积
=1000×0.9
=900万元
对比这两个计算结果，可以得出当该项目销售达到100%时，根据7号公告的计算，可扣除项目金额能达到100%扣除，而根据国税发【2006】187号计算，可扣除项目金额不能100%扣除，导致企业土增税税负增加，其原因是清算后再转让时扣除项目总金额是单位建筑面积成本费用乘以转让面积，此部分面积不包含可扣除的公配面积，因此在计算单位建筑面积成本费用时，也应该不包含可扣除的公配面积，需确定清算的总已售面积，而非清算的总建筑面积。但最终执行层面上，还需要与当期的主管税务机关沟通！
