依据增值税原理和工程计价规则，甲方按照增值税一般计税方法的工程计价方法对施工项目进行工程计价，建筑施工企业选择简易计税方法，按照3%向甲方开具增值税发票。如果甲方向建筑施工企业支付工程结算款（审计金额）中扣除6个点增值税税款是完全错误的违法行为，存在以下法律、税务风险，具体分析理由如下。

1、违背税法和国家工程计价的规定

建筑企业选择简易计税方法计征增值税的工程项目向发包方开具3%增值税发票的工程计价有两种公式：

第一、参照营业税下的工程计价公式：（含增值税的人工费+含增值税的材料费+含增值税的施工机具使用费+含增值税的企业管理费+含增值税的规费+利润）×（1+3%）

第二、一般计税方法的工程计价公式：（不含增值税的人工费+不含增值税的材料费+不含增值税的施工机具使用费+不含增值税的企业管理费+不含增值税的规费+利润）×（1+9%）。

如果甲方在招投标环节以“（含增值税的人工费+含增值税的材料费+含增值税的施工机具使用费+含增值税的企业管理费+含增值税的规费+利润）×（1+3%）”作为工程计价，则建筑企业必须选择简易计税方法向甲方开具3%的增值税专用发票。

根据前文“建筑企业选择简易计税计征增值税的工程项目”的分析，建筑企业对“甲供工程”、“清包工工程”、“建筑老项目”等可以选择简易计税也可以选择一般计税方法计征增值税，而建造企业总承包方承包房屋建筑物的地基与基础和主体结构工程，只要发包方全部或部分自行采购钢材、混凝土、砌体材料、预制构件”四种材料中的任一种材料，则建筑企业总承包方必须选择一般计税方法计征增值税。

基于以上税法政策的分析，除了建筑企业总承包方承包房屋建筑物的地基与基础和主体结构工程，符合财税【2017】58号文件的规定，必须选择一般计税方法计征增值税之外，如果甲方在招投标环节以“（不含增值税的人工费+不含增值税的材料费+不含增值税的施工机具使用费+不含增值税的企业管理费+不含增值税的规费+利润）×（1+9%）”作为工程计价，则建筑企业可以选择简易计税方法向甲方开具3%的增值税专用发票，也可以选择一般计税方法向甲方开具9%的增值税专用（普通）发票。这种增值税计税方法是税发赋予建筑企业的一种选择权利。

因此，如果甲方 以“（不含增值税的人工费+不含增值税的材料费+不含增值税的施工机具使用费+不含增值税的企业管理费+不含增值税的规费+利润）×（1+9%）”作为工程计价依据结算的工程结算款扣除6个点的增值税税款支付给建筑施工企业，则甲方存在以下两点违法行为：

第一个违法行为：强行剥夺建筑施工企业依照税法规定选择简易计税方法计征增值税的权利！

第二个违法行为：违背国家工程计价规则。

甲方向建筑施工企业支付的最终工程总价款是：（不含增值税的人工费+不含增值税的材料费+不含增值税的施工机具使用费+不含增值税的企业管理费+不含增值税的规费+利润）×（1+3%）”，这与选择简易计税计价的工程计价公式：（含增值税的人工费+含增值税的材料费+含增值税的施工机具使用费+含增值税的企业管理费+含增值税的规费+利润）×（1+3%），完全不一样。

2、违背税法中的增值税抵扣原理，致使工程项目的工程计价减少，变相降低工程价款，增加了建筑施工企业的项目损失。

根据《中华人民共和国增值税法》的规定，选择简易计税计征增值税的建筑施工项目不可以抵扣不项目所有成本的增值税进项税额，但是本项目产生的收入可以向发包方开具3%的增值税进项税额，发包方可以抵扣增值税进项税额。同时，增值税是流转税类，增值税是价外税，即增值税是不含在产品和服务的价格里，增值税必须转移到产品和服务的价格里面，最终由消费产品和服务的消费者承担。

基于以上增值税原理， 甲方可以抵扣建筑施工企业开具的3%的增值税专用发票上的增值税进项税额。而建筑施工企业施工的项目本身所发生的所有采购建筑材料、机械、人工支付给供应商、出租方、劳务公司的增值税进项税额，不可以在施工项目所产生收入的增值税销项税额中进行抵扣。

同时，甲方 以“（不含增值税的人工费+不含增值税的材料费+不含增值税的施工机具使用费+不含增值税的企业管理费+不含增值税的规费+利润）×（1+9%）”作为工程计价依据计算的工程结算款扣除6个点的增值税税款支付给建筑施工企业工程款的实质是：甲方只向建筑施工企业支付了（不含增值税的人工费+不含增值税的材料费+不含增值税的施工机具使用费+不含增值税的企业管理费+不含增值税的规费+利润）×（1+3%）”的工程总价款。而建筑施工企业在施工项目所发生的所有采购建筑材料、机械、人工支付给供应商、出租方、劳务公司的增值税进项税额，没有转移到施工项目的工程造价成本中，没有让甲方承担施工项目的建造成本，直接产生了建筑企业的损失。损失的总金额为施工项目工程造价中的可以抵扣的增值税进项税额。

3、违背了《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》（法释〔2020〕25号 ）工程结算规定，是无效的请求。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》（法释〔2020〕25号 ）第十九条：“当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。”第二十二条：“当事人签订的建设工程施工合同与招标文件、投标文件、中标通知书载明的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款不一致，一方当事人请求将招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据的，人民法院应予支持。”基于此法律规定，签订的建设工程施工合同与招标文件、投标文件、中标通知书载明的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款不一致的工程结算依据是：以招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据。

基于以上法释〔2020〕25号的法律规定，甲方以（不含增值税的人工费+不含增值税的材料费+不含增值税的施工机具使用费+不含增值税的企业管理费+不含增值税的规费+利润）×（1+9%），作为工程计价依据，编制招标控制价格，中标通知书中载明的中标价也是按照以上工程计价公式进行的工程计价。则在建筑施工合同中，如果当事人双方约定按照一般计税方法结算工程价款，则施工方向发包方开具9%的增值税发票；如果当事人双方没有约定一般计税方法或者简易计税方法结算工程价款，则施工方向发包方可以选择开具9%的增值税发票，也可以选择开具3%的增值税发票。因此，按增值税一般计税9%编制工程造价的项目选择3%简易计税的情况下，发包方或审计部门没有权力从工程结算款中扣除6个点的增值税税额。

根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》（法释〔2020〕25号 ）第十九条和第二十二条的规定，甲方或审计部门要求从工程审计结算金额或最终工程结算金额中扣除6个点的增值税税额的请求是无效的。

4、违背招标投标法和《建设工程价款结算暂行办法》的规定

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一》（法释〔2020〕25号 ）第二条招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十七条规定：“招标人和中标人应当依照招标投标法和本条例的规定签订书面合同，合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”《中华人民共和国招标投标法实施条例》第七十五条规定：“招标人和中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同，合同的主要条款与招标文件、中标人的投标文件的内容不一致，或者招标人、中标人订立背离合同实质性内容的协议的，由有关行政监督部门责令改正，可以处中标项目金额5‰以上10‰以下的罚款。”

《建设工程价款结算暂行办法》（财建[2004]369号）第六条第二款“合同价款在合同中约定后，任何一方不得擅自改”；《建设工程价款结算暂行办法》（财建[2004]369号）第二十二条规定：“发包人与中标的承包人不按照招标文件和中标的承包人的投标文件订立合同的，或者发包人、中标的承包人背离合同实质性内容另行订立协议，造成工程价款结算纠纷的，另行订立的协议无效，由建设行政主管部门责令改正，并按《中华人民共和国招标投标法》第五十九条进行处罚。”

《中华人民共和国合同法》第七条规定：“当事人订立、履行合同，应当遵守法律、行政法规，尊重社会公德，不得扰乱社会经济秩序，损害社会 公共利益”，第五十二条“有下列情形之一的，合同无效：（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；（三）以合法形式掩盖非法目的；（四）损害社会公共利益；（五）违反法律、行政法规的强制性规定”。

《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第十四条规定：“合同法第五十二条第（五）项规定的“强制性规定”，是指效力性强制性规定。”《最高人民法院关于当前形势下审理民商事合同纠纷案件若干问题的指导意见》（法发〔2009〕40号）第15条规定：“违反效力性强制规定的，人民法院应当认定合同无效；违反管理性强制规定的，人民法院应当根据具体情形认定其效力”。根据以上法律规定，“强制性规定”包括管理性强制性规定和效力性强制性规定。“管理性强制性规定”是指法律及行政法规未明确规定违反此类规定将导致合同无效的规定。此类管理性强制性规定旨在管理和处罚违反规定的行为，但并不否认该行为在民商法上的效力。……“效力性强制性规定”是指法律及行政法规明确规定违反该类规定将导致合同无效的规定，或者虽未明确规定违反之后将导致合同无效，但若使合同继续有效将损害国家利益和社会公共利益的规定。此类规定不仅旨在处罚违反之行为，而且意在否定其在民商法上的效力。

基于以上法律政策规定，工程价款是“实质性内容”，甲方要求从工程结算金额中扣除6个点的增值税税额的请求，实质上是合同金额减少，这种要求强加给建筑施工企业，无论是签订书面的补充协议还是口头协议，都违返《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十七条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》（法释〔2020〕25号 ）第二条和《建设工程价款结算暂行办法》（财建[2004]369号）第六条第二款等法律、行政法规的效力性强制性规定，是无效的协议。