土地增值税清算中，对利息扣除有两个选项，一是可以选择据实扣除，二是可以选择计算扣除。选择据实扣除应注意以下问题：

一、据实扣除最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。

根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）的规定，财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。利息的上浮幅度按国家的有关规定执行，超过上浮幅度的部分不允许扣除；对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。“同类同期贷款利率“指在贷款期限、贷款金额、贷款担保以及企业信誉等条件基本相同下，金融企业提供贷款的利率，既可以是金融企业公布的同期同类平均利率，也可以是金融企业对某些企业提供的实际贷款利率。在我国，各商业银行的利率都是执行人民银行规定的统一利率，即基准利率，并可以在一定范围内上、下浮动。基准利率是中国人民银行公布的商业银行存款、贷款、贴现等业务的指导性利率。我国一直在稳步推进利率市场化改革，在商业银行“贷款利率封底不封顶”的情况下，如何执行“最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率”的这一规定？是否计算土地增值税时的扣除也不受限制？这些有待国家税务总局进一步明确。

二、超期利息和罚息不得扣除。

根据《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）第八条第（二）款的规定，对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。房地产开发企业向金融机构借款，因逾期还款，金融机构收取的超过贷款期限的利息、罚息支出，不得作为利息支出在土地增值税税前扣除。

三、向非金融机构借款利息不能扣除。

根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定：财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供“金融机构”证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。所指金融机构证明包括借款合同、利息单、利息发票、付息凭证。以及《土地增值税清算鉴证业务准则》第三十六条规定：房地产开发费用的审核，应当包括下列内容：①审核应据实列支的财务费用是否取得合法有效的凭证，除据实列支的财务费用外的房地产开发费用是否按规定比例计算扣除。②利息支出的审核。企业开发项目的利息支出不能够提供金融机构证明的，审核其利息支出是否按税收规定的比例计算扣除；开发项目的利息支出能够提供金融机构证明的，应按下列方法进行审核……从该规定可以看出：向金融机构外的其他非金融机构和个人的借款利息支出仍未纳入扣除的范围。所以，对开发企业向金融机构外的其他非金融机构和个人的借款利息支出，不论是否取得合法凭证，不论是否超过按商业银行同类同期贷款利率，均不允许扣除。不允许扣除的原因是涉及国家通过金融机构对房地产开发的宏观调控的需要，对房地产开发企业向金融机构外的其他非金融机构和个人融资开发的限制。

四、房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用计算扣除和据实扣除两种办法。

根据此规定，对于房地产企业从非金融机构获得的借款，由于其支付的利息无法取得金融机构证明，尽管企业可以取得资金提供者所在地税务机关代开的发票，但也不能据实扣除。也就是说，要么按照金融机构借款的利息费用据实扣除，要么按照5%扣除，不能叠加处理。这种情况在清算时需要测算下用哪种方式扣除额多，哪种划算用哪种。

五、财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除。

怎么样才算“能够按转让房地产项目计算分摊”？税法中并没有明确。企业发生的借款是为了开发多个房地产项目时，利息费用应当分项目核算。企业先要确切地来核算利息，进而才能正确地计算利息支出，因为土地增值税政策没有单独明确利息应该怎么核算。参照企业所得税，利息的分摊采取工程造价法分摊。

六、利息据实扣除的终止时间。

允许据实扣除的利息支出为转让项目开发至清算期间金融机构利息支出总额。举例来说，大连市税务机关曾于2014年发布公告，规定可据实扣除利息的终止时间，为企业按规定首次开始清算的上个月。应当注意：利息支出在符合条件的情况下，应扣除专项借款对外投资收益和存款利息收入后的余额扣除。

七、资本化的利息支出应调整为财务费用。

根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第三条第（四）款规定，土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。在土地增值税清算时，即使利息支出已经资本化并计入房地产开发成本，也不影响计算土地增值税时利息的扣除。