核心观点：

关联企业间股权转让价格偏低，被实施特别纳税调整后，交易双方应当及时补支付价款并按照调整后的价格作相应的会计处理。否则，受让方再次转让股权时，应以特别纳税调整前的股权作价为计税基础。

随着股权转让交易日益增多，一些特殊情形下的股权转让涉税问题显现，需要研究解决。下面笔者结合自己在工作中遇到的一则案例，探析经过纳税调整的股权再转让，该如何确认计税基础。

按照规定，股权转让收入减除取得该股权的计税基础的余额，为股权转让所得应纳税所得额。准确确认被转让股权的计税基础，尤其是某些特殊情形下的股权计税基础，是股权转让税务处理需要把握的关键。例如，关联企业之间股权转让价格偏低，被税务机关实施特别纳税调整后，受让方再次转让股权时，是按特别纳税调整前还是特别纳税调整后的股权作价作为计税基础？

案例：股权再转让如何计税起争议

笔者曾遇到这样一起案例：

A公司为境外非居民企业，在中国境内没有设立任何机构、场所，其直接持有境内居民企业C公司100%股权。境内居民企业B公司是A公司的关联企业，企业所得税实际适用税率为25%。

2017年1月1日，A公司以1000万元的价格将其持有C公司的所有股权转让给关联企业B公司，被转让股权净值为900万元。由此计算，A公司这次股权转让所得为100万元，适用10%的税率，B公司据此在向A公司支付股权转让款时，按照规定代扣代缴税款10万元。

2017年6月1日，C公司所属主管税务机关调查后认为，此次股权转让交易价格偏低，不符合独立交易原则，按照有关规定向A公司送达特别纳税调查调整通知书，将有关转让股权作价调增至2000万元，告知其应补缴税款100万元。A公司收到该通知书后，按期补缴100万元税款。但是，A公司的关联企业B公司未就相关变动做会计账务调整，也未按照特别纳税调整后的股权转让价格向A公司补支付1000万元。

2018年7月1日，B公司将该笔股权转让给境内无关联的第三方企业D公司，合同约定股权转让价格为3000万元。在未计算该笔股权转让所得收益的情况下，2018年度B公司的会计利润为正数。

B公司这一次转让股权，计税基础是按照经特别纳税调整后的2000万元计算，还是按照特别纳税调整前的1000万元计算？税企之间产生了争议。B公司认为，其取得的有关股权价格已经被税务机关调整至2000万元，原转让方也按照调整后的价格重新计算缴纳了税款，被转让股权的计税基础应当是2000万元。税务机关则认为，B公司取得有关股权时实际支付了1000万元，应当以这1000万元作为其再转让股权时的计税基础。

探析：从三个方面看股权转让计税基础

讨论这个问题，笔者认为需要分析以下三个方面：

一是税法关于股权计税基础的规定。

企业所得税法实施条例第五十六条规定：“企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。前款所称历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。”据此，企业持有的股权资产应以历史成本为计税基础，也即以企业取得股权时“实际发生”的支出为计税基础。企业持有期间股权增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该股权资产的计税基础。

对于股权计税基础的确认，财政部、国家税务总局未作出特殊规定。而根据企业所得税法实施条例第九条规定，即“企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用”，笔者认为，对于“实际发生”的支出的理解，应当按照税法规定的权责发生制为原则。所以，上述案例中，B公司自A公司受让而来的股权，持有期间的计税基础应当以“实际发生”的受让成本为准。

二是两次股权转让纳税主体不一致，可能导致重复征税。

上述案例中，第一次股权转让，特别纳税调整的对象是非居民企业A公司，纳税主体及补缴税款的也是A公司。第二次股权转让，转让方是居民企业B公司，转让所得的纳税主体是B公司。虽然A公司和B公司是关联企业，但是在法律上和税收上，二者各是独立主体，因此，两次股权转让的纳税主体不同。

整体来看，上述案例中，如果第二次股权转让以1000万元为计税基础，由于特别纳税调整调增的1000万元（2000万元减1000万元）股权转让所得已补缴税款，会造成重复征税。但是，由于B公司未按照特别纳税调整后的价格向A公司补支付1000万元，以1000万元为计税基础导致的重复征税是对A公司的重复征税，并未给B公司造成额外的税收负担。此种情况产生的国际重复征税，应当经由税收协定相互协商条款途径加以协调解决。

三是以特别纳税调整后股权价格为二次股权转让的计税基础，会侵蚀境内税基。

上述案例中，B公司是居民企业，第二次转让股权的所得要纳入其当年的会计利润，在企业所得税汇算清缴时统一计算应纳税所得额。下面分别以1000万元、2000万元为计税基础，计算B公司第二次股权转让所得的应纳税额以及两次股权转让合并所得对境内税基的影响：

以1000万元为计税基础，其第二次股权转让所得应纳税额为500万元[（3000-1000）×25%]，加上第一次股权转让所得已缴税款110万元，两次股权转让合计应纳税610万元。

以2000万元为计税基础，其第二次股权转让所得应纳税额为250万元[（3000-2000）×25%]，加上第一次股权转让所得已缴税款110万元，两次股权转让合计应纳税360万元。

对比两种情况的计算结果，以2000万元为计税基础合并计算两次股权转让的应纳税款，比以1000万元为计税基础少缴250万元（如果除去对A公司100万元的重复征税，则少缴税款额为150万元）。可见，如果以特别纳税调整后的股权价格为计税基础，会侵蚀境内税基，造成境内税款流失。

结论：是否按特别纳税调整补付款是关键

综合考虑税法规定、消除重复征税以及可能导致的税基侵蚀，对于股权转让价格被特别纳税调整后，股权再转让时计税基础的确认问题，笔者认为，只有在第一次股权转让的受让方（第二次股权转让方）按照税务机关特别纳税调整后的价格补支付了价款，或者与转让方签订补充协议，约定按照特别纳税调整后的价格补支付，并且在会计上对有关股权的入账成本做了相应调整，才能将特别纳税调整后的金额作为其第二次转让股权的计税基础。否则，企业只能以特别纳税调整前的价格为计税基础，由此产生的重复征税依照相关税收协定条款加以消除。

实务中，关联企业间的跨境股权转让，如果被税务机关实施了特别纳税调整，交易双方应当按照调整后的价格做相应的会计处理，尤其是受让方要及时补支付调整价和原作价的差额，并调整股权的入账价值。如果没有及时作出相应处理，再转让股权时产生了重复征税，原转让方可以依照其所在国与中国签订的税收协定相关条款，提起相互协商程序，消除重复征税。

与此同时，税务机关也要做好提醒、解释工作，例如在实施特别纳税调整后及时提醒和辅导企业作相应处理，针对股权再转让时发生重复征税的情况，及时告知企业法律救济渠道，积极帮助企业提起相互协商程序，尽快消除重复征税。