根据《国家税务总局关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》(国税函〔2006〕866号)规定：“根据《中华人民共和国个人所得税法》的有关规定，股权成功转让后，转让方个人因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因财产转让而产生的收入。转让方个人取得的该违约金应并入财产转让收入，按照‘财产转让所得’项目计算缴纳个人所得税，税款由取得所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。”

根据《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局公告2014年第67号)第八条规定，转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入。

东方税语：

这种管理方式类似于增值税中的“价外费用”，主要是为防止纳税人在进行股权转让过程中避税之用，这样一来，后续因股权转让过程中发生的违约金等各种名目的款项，均应并入股权转让收入。该收入应全额按20%税率缴纳个人所得税了，因为之前申报时成本应该已经扣除完了。

这个款项纳税人交完税后可以作为下家的股权转让成本。

根据国税函〔2006〕866号规定，发生类似违约金款项的，不需要代扣代缴了，只需要由取得所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。