问题一：公司取得自然人到税务代开的免税农产品发票，可以抵扣9%进项税额吗？
解析：分情况。
若是属于个人自产自销的农产品，这样去代开的免税农产品发票，公司可以抵扣9%进项税额。
若是属于批发零售的免税农产品比如蔬菜鸡蛋等，这样去代开的免税农产品发票，公司不可以抵扣进项税额。
问题二：企业被人恶意纵火的存货损失，增值税进项税额需要转出吗？
解析：不需要。原因就是纵火的损失不是因管理不善造成的被盗、丢失、霉烂变质三种损失之一。也就是说只有下面正列举的损失需要转出。
《营业税改征增值税试点有关事项的规定》，非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。
问题三：一家商贸公司销售货物，平进平出，额外向客户收取一定比例服务费，这样可以吗？
解析：这样交易虽然允许，但是在税务上特别是增值税上属于混合销售，收取客户的服务费跟主业适用一样的税率13%。因为是面向同一个客户的销售行为，销售+服务的属于增值税混合销售，税率都是13%。
注意：混合销售注意三个一原则：也就是一项销售行为、一个购买方、一个税率。
1、目前，增值税混合销售只是针对销售+服务，服务+服务不存在混合销售问题！
2、混合销售应按照主业适用的税率缴纳增值税，遵循从主原则。
《营业税改征增值税试点实施办法》第四十条规定，一项销售行为如果既涉及服务又涉及货物，为混合销售。从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售货物缴纳增值税；其他单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售服务缴纳增值税。本条所称从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户，包括以从事货物的生产、批发或者零售为主，并兼营销售服务的单位和个体工商户在内。
