一、允许退还的留抵税额计算变化
（一）旧政策（2023年1月1日-2025年8月31日）
1.制造业、批发零售业等行业企业（含个体工商户）： 按月全额退还增量留抵税额，允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×100%；一次性退还存量留抵退税，无退税门槛；
2.小微企业（含个体工商户)：
全额退还增量留抵税额，允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×100%，一次性退还存量留抵退税，有退税门槛；
3.其他行业企业：
按比例退还增量留抵税额，允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%，有退税门槛。
（二）新政策（2025年9月1日起）
1.制造业等4个行业
按月全额退还期末留抵税额，允许退还的留抵税额=当期期末留抵税额×进项构成比例×100%，无退税门槛；
2.房地产开发经营业
按比例退还增量留抵税额,允许退还的留抵税额=当期期末留抵税额与2019年3月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额×进项构成比例×60%，有退税门槛；
3.其他纳税人
按比例分段退还增量留抵税额,允许退还的留抵税额=当期期末留抵税额与申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额不超过1亿元的部分×进项构成比例×60%+超过1亿元的部分×进项构成比例×30%,有退税门槛。
二、退税门槛变化
（一）旧政策（2023年1月1日-2025年8月31日）
1.小微企业（含个体工商户)和其他行业企业：与2019年3月31日相比连续六个月增量留抵税额（获得一次性存量留抵退税后，增量留抵税额为当期期末留抵税额）均>0，且第六个月增量留抵税额≥50万元
2.制造业、批发零售业等行业企业（含个体工商户）：取消退税门槛
3.小微企业仅2022年12月31日前取消退税门槛
（二）新政策（2025年9月1日起）
1.房地产开发经营业纳税人
与2019年3月31日期末留抵税额相比，申请退税前连续六个月（按季纳税的，连续两个季度，下同）期末新增加留抵税额均大于零，且第六个月（按季纳税的，第二季度，下同）期末新增加留抵税额不低于50万元的；
2.其他纳税人
申请退税前连续六个月期末留抵税额均大于零，且第六个月期末留抵税额与申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额不低于50万元的。
三、销售额占比计算方法变化
1.房地产开发经营业纳税人，是指从事《国民经济行业分类》中“房地产开发经营”业务相应发生的增值税销售额及预收款占其全部增值税销售额及预收款的比重超过50%的纳税人；同一计算期间内既取得房地产开发经营业务增值税销售额或预收款，又取得其他业务增值税销售额，且销售额及预收款比重符合房地产开发经营业纳税人规定的纳税人，申请退还期末留抵税额时，应当按照“房地产开发经营业纳税人”、“其他纳税人”规定办理。
解析：由于房地产企业（小微企业除外）未享受一次性退还存量留抵退税，因此仍需要与2019年3月31日期末留抵税额相比；如果房地产企业已经以小微企业身份一次性退还存量留抵退税，或者2019年4月1日以后新设立，增量留抵税额=期末留抵税额；房地产开发经营业纳税人相比“其他纳税人”留抵退税力度更大，增量留抵税额不论是否超过1亿元，退税比例均为60%；房地产开发经营业计算销售额占比时，公式分子考虑了预收款。
2.明确适用增值税差额征税政策的，以差额前的金额确定。
四、进项构成比例变化
1.进项构成比例，为2019年4月至申请退税前一税款所属期已抵扣的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、完税凭证、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票、电子发票（航空运输电子客票行程单）、电子发票（铁路电子客票）等增值税扣税凭证（以下简称七类扣税凭证）注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重
2.七类扣税凭证
新增电子发票（航空运输电子客票行程单）、电子发票（铁路电子客票）等
不含：农产品收购发票或者销售发票，购进国内旅客运输服务取得的电子普通发票，桥闸通行费发票，公路、水路等其他客票
3.时间范围
（1）制造业等4个行业及房地产开发经营业纳税人：以2019年4月以来七类增值税扣税凭证占比
（2）其他纳税人：为申请退税前一税款所属期当年1月以来
五、按月全额退还期末留抵税额的行业范围变化
1.仅制造业等4个行业纳税人可以按月全额退还期末留抵税额；（ 制造业等4个行业：制造业、科学研究和技术服务业、软件和信息技术服务业、生态保护和环境治理业）
2.按月全额退还期末留抵税额的行业范围调整，删除了电力、热力、燃气及水生产和供应业，交通运输、仓储和邮政业，批发和零售业，农、林、牧、渔业，住宿和餐饮业，居民服务、修理和其他服务业，教育、卫生和社会工作、文化、体育和娱乐业等行业；
3.小微企业全额退还增量留抵税额政策停止执行。
六、缴回政策变化
新规取消了2022年10月31日前缴回已退税款才能申请留抵退税或即征即退、先征后返（退）的时间限制，
同时新增纳税人缴回已退税款后选择适用留抵退税或即征即退等政策的，自缴回次月起36个月内不得变更的约束。
