首先合伙企业将持有的被投资公司股权转让，这个是需要缴纳经营所得个税的，合伙人是纳税义务人，自然人合伙人按照5-35%缴纳经营所得个税。

合伙企业本身不缴纳所得税，由合伙人分别缴纳。自然人合伙人按“先分后税”原则，根据合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例，确定各自的应纳税所得额，再按“经营所得”项目缴纳个人所得税。

注意：

合伙企业先分后税，能否将经营所得全部约定给某一个合伙人来缴纳个税？

答复：

不可以的。

《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）明确规定，合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。合伙企业的应纳税所得额需按照合伙协议约定的比例、协商比例、实缴出资比例或平均分配等方式确定，确保所有合伙人按规则分担税负。

法律逻辑：

合伙企业是“税收透明体”，其经营所得本质上属于全体合伙人共有。若允许将全部经营所得分配给单一合伙人纳税，可能引发税收规避风险，违背税收公平原则。即使合伙协议有此类约定，税务机关也可能不予认可。

建议：

合伙企业在制定利润分配方案时，应严格遵循税收政策，避免通过不合理约定转移税负。

另外：

合伙企业自然人合伙人退伙，是需要缴纳个税的。

1、若退伙时合伙企业存在未分配利润，且该利润在退伙前未缴纳过个税，则需就这部分未分配利润按“经营所得”缴纳个税，适用5%-35%的超额累进税率。自然人合伙人的财产份额转让，也就是办理退伙的时候，合伙企业账面上的未分配利润由于已经缴纳完了“先分后税”的经营所得的个税，因此办理退伙的时候不再缴纳这部分利润的个税了。

当然，若是该合伙人当年度未缴纳经营所得的未分配利润部分，退伙时需要征收“经营所得”项目的个人所得税。

2、若退伙行为本质上是转让合伙企业财产份额，且存在转让溢价（即退伙款项高于初始出资额及相关费用），则按“财产转让所得”缴纳个税，税率为20%。

总结：

方式一：若是合伙人变更是份额转让的方式

自然人合伙人份额转让需要按照“财产转让所得”税目按20%税率缴纳个人所得税。 根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条（八）财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。

方式二：若是合伙人变更是退伙的方式

自然人合伙人持有合伙企业当年度未缴纳经营所得的未分配利润部分，退伙时按照“经营所得”税目按5%-35%个人所得税，剩余所得扣减投资成本后按照“财产转让所得”税目按20%缴纳个人所得税。