根据《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）第五条规定：“企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得;剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。被清算企业的股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础。”
按照上述规定，向所有者（股东）分配的剩余资产，被分为了三种类型：（1）累计的未分配利润和盈余公积，算着股息红利；（2）投资者的成本；（3）减去前两部分的差额，算股东的投资转让所得或损失。前述（1）和（2），当然不用缴纳企业所得税；第（3）项是损失的，可以作为资产损失按规定在税前扣除，如果是转让所得则需要按规定作为应税收入计算缴纳企业所得税。
在向所有者分配剩余资产前，被清算企业需要先计算清算所得，而是以清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得，然后对清算所得为正数时按规定计算缴纳企业所得税。也就是说，向所有者分配的剩余资产，除所有者（股东）投入的资本外，其余资产也是缴纳过企业所得税，包括被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积也是缴纳过企业所得税后才形成的。因此，如果第（3）部分计算出是转让所得的话，境内居民企业股东就可能需要重复缴纳企业所得税，与企业所得税法及其实施条规的境内居民企业之间的股息红利免征企业所得税不符。不过，这种情形在清算企业中很难出现，而且真有可能出现的话也可以采用合法规划手段予以避免重复缴税。
《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第41号）规定：个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。应纳税所得额的计算公式如下：应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额(投入额)及相关税费
财税[2009]60号第五条规定与国家税务总局公告2011年第41号几乎一模一样，只是前者针对的是企业所得税，后者针对的个人所得税。