网上看到这样一个问题，今天回复一下。其实，对于这个问题，还是需要区别对待。
比如，乙公司（施工单位）给甲公司（建设方）建造一个生产车间，造价1000万元（含税）。但是，因为工程质量问题，甲公司依照合同约定扣下50万元作为罚款。
对于这种情形，乙公司直接按照950万元给乙公司开具发票；若已按照1000万元开具发票，则再开具50万元红字发票（即“-50万元”，“1000-50=950”，结果一样的）。
那么，对于“甲公司是否缴纳增值税”这个问题，显然，甲公司对此无需计提销项税额，但是相应进项税额则是减少了。
同样上面例子，乙公司施工过程中，损坏了甲公司一台机器设备，甲公司因此向乙公司罚款50万元。
显然，上述50万元，并未影响生产车间本身施工，而是因为其他问题罚款，因而施工款项仍以1000万元开票、结算、计税；对于50万元罚款，则甲公司另行账务处理即可（冲减设备损失）。
而甲公司收取此款项，并未因此向乙公司销售货物、服务、无形资产或者不动产，因此无需缴纳增值税。
