本案中，台州某运输公司因无法取得工程施工相关进项发票，转而从第三方取得价税合计5837万元的柴油发票，税务机关据此认定其构成虚开发票及偷税行为，追缴增值税、城市维护建设税、教育费附加、企业所得税、印花税及相应滞纳金，并处以偷税数额80%的罚款共计872万元。因该企业虽设置账簿，但账目混乱，年度间部分科目余额不结转，成本核算混乱，难以查账，税务机关对企业所得税采用核定征收方式，核定应税所得率为9%，因核定后各年度应纳税所得额均超过300万元，企业被认定不符合小型微利企业标准，丧失相应税收优惠资格。本案有两项问题尤其值得关注，企业应充分重视并积极主张权利。

一是稽查查增所得额可用于弥补以前年度亏损，核定征收情形下同样适用。《关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》（国家税务总局公告2010年第20号）明确规定，“税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。”该规定并未将检查调增限定为查账征收方式下的调增，从文义及立法目的出发，应当理解为既涵盖查账征收方式的检查调增，也涵盖核定征收方式的检查调增，两种情形均可用于弥补以前年度亏损，弥补后再计算应纳税额。因此，案涉企业应当认真梳理以前年度亏损情况，在依法弥补亏损后重新核算应纳税所得额，若弥补后所得额降至300万元以下，则应符合小型微利企业认定标准，依法享有相应优惠政策。

二是对于核定征收确定的应纳税额，原则上不应适用行政处罚。《行政处罚法》确立的基本原则要求，行政机关对当事人作出处罚，必须做到事实清楚、证据确凿。然而，核定征收的本质，恰恰是税务机关在纳税人账簿不健全、资料残缺、难以准确核算应纳税所得额的情形下，依法采取的一种估算征收方式。核定税款是基于法定方法和程序推导出的结果，而非对纳税人应税事实的客观、精确确认。既然其在性质上属于合理推断下的估算，并非对少缴税款事实的确定性认定，便天然不具备事实清楚、金额确定的属性，不满足行政处罚的事实基础要求。以估算所得的税额为基数对纳税人处以倍数罚款，既缺乏充分的事实依据，也有悖行政处罚合法性与合理性的基本要求。因此，对于核定征收的税款，原则上不应予以处罚。

对此，企业应积极行使陈述申辩权利，及时聘请专业税务律师介入，申请召开税务行政处罚听证会，就相关争议事项充分陈述申辩，切实维护自身合法权益。